Panama nằm ở Trung Mỹ, giáp với cả Biển Caribe và Thái Bình Dương, giữa Colombia và Costa Rica. Nước này có vị trí chiến lược ở điểm cuối phía đông Eo Panama, một cầu lục địa lớn nối Bắc và Nam Mỹ. Tới năm 1999, Panama đã kiểm soát Kênh đào Panama nối Bắc Đại Tây Dương qua Biển Caribe với Bắc Thái Bình Dương.

Địa hình rừng già hầu như không thể xâm nhập của Vực Darien giữa Panama và Colombia. Nó tạo ra khoảng đứt của Xa lộ Xuyên Mỹ, nếu không tuyến đường này sẽ nối liền từ Alaska tới Patagonia.